Причины войны

«Я не позволю республике, просуществовавшей тысячи лет, распасться. Мои переговоры будут успешными».
— Верховный Канцлер Палпатин

Хотя Войны клонов формально начались в 22 ДБЯ с Битвы на Джеонозисе, причины конфликта можно обнаружить в событиях, случившихся за десять лет до того во время блокады Набу Торговой федерацией в ответ на введение налогов на торговые маршруты во Внешнем Кольце. В результате сенатор от Набу, Палпатин, был избран Верховным канцлером Галактической Республики. Он обещал обуздать коррупцию, распространившуюся в Галактическом Сенате, однако в первые годы его правлени попыток выполнить обещание наблюдалось мало. Разоружение Торговой федерации многими расценивалось, как легкий шлепок по рукам, а Нуте Ганрей, наместник Торговой федерации, избежал серьёзных обвинений за действия во время вторжения на Набу несмотря на все усилия Падме Амидалы Наберри.
В это время Палпатин (в обличьи Дарта Сидиуса) связался с опытным мастером-джедаем графом Дуку. Потеряв Дарта Мола во время конфликта на Набу, Палпатин искал нового ученика. И Дуку, утративший веру в Республику после Битвы за Галидраан, отлично подходил на эту роль. Убив своего старого друга, мастера-джедая Сайфо-Диаса, чтобы навсегда изменить судьбу и превратиться в Дарта Тирануса, Дуку получил приказ Палпатина уничтожить все упоминания планеты Камино в Архивах джедаев, чтобы не дать джедаям узнать об армии клонов, тайно создаваемой для Республики. Эти сведения должны были стать достоянием гласности в соответствующее время. В качестве прототипа для клонов Палпатин выбрал Джанго Фетта.
Пока будущая Великая армия Республики подготавливалась на Камино, клонированные воины уже действовали в Галактике. Мастера клонирования и их создания не были секретом для джедаев, вроде Оби-Вана Кеноби, или отщепенцев, вроде бывшего торговца оружием Декстера Джеттстера. Примерно в то время, как "Проект дальнего перелета" потерпел неудачу в 27 ДБЯ, войска Галактической Республики столкнулись с воинами-клонами, оказавшимися опасно уязвимыми для сумасшествия клонов из-за слишком быстрого созревания. Ветераны этой компании, например, будущий гранд-адмирал Гилад Пеллеон, позднее называли её началом Войн клонов, но для большинства людей это казалось лишь симптомом общей нестабильности Республики в те времена.
В 24 ДБЯ восьмилетний срок правления Верховного канцлера Палпатина подошел к концу. Приблизительно в то же время на Раксус Прайм появился Дуку, объявивший о намерениях создать Конфедерацию независимых систем, группу государств и внеправительственных организаций, желающих отделиться от Республики. Из опасения последствий, к которым приведет этот раскол, пост Верховного канцлера был сохранен за Палпатином на более долгий срок, чем позволяла Конституция Галактики.
В следующие два года Республику покинуло множество систем, чтобы присоединиться к Конфедерации: Андо, Джеонозис, Тинна, Си Мирт, Яг'Дул и другие. После этого ряды сепаратистов пополнили сектора Элруд, Данджар, Тантра и Слуис, выводя из-под контроля Республики весь Римуардский участок Риммского торгового маршрута. Их примеру последовали сектор Абрион, присоединивший к Конфедерации около 200 аграрных миров, сектор Лахара с планетами Агамар и Урн Тчис, а также гиперпространственный перекресток Миргошир. Однако, хотя Андо и присоединилась к Конфедерации, Андоанские свободные колонии остались верны Республике.
Позднее в Конфедерацию вступили корпоративные образования Галактики: "Бактоид Армор Воркшоп", Коммерческая гильдия, Корпоративный альянс, Техносоюз, Межгалактический банковский клан и Торговая федерация. На Корусант обрушилась череда террористических атак, в том числе было совершено покушение на сенатора Амидалу перед голосованием по вопросу воссоздания Вооруженных Сил, что давало бы канцлеру право восстановить армию (распущенную 1.000 ДБЯ) и защитить Республику от сепаратистской угрозы.
После второго покушения на жизнь Амидалы Совет джедаев приказал Оби-Вану Кеноби выяснить, кто стоит за попытками убить сенатора, а сама Амидала в сопровождении Энакина Скайуокера отправилась на Набу. Поиски привели Кеноби на Камино, где он обнаружил армию клонов, к тому времени насчитывавшую уже 200 000 подразделений; ещё миллион находились в стадии подготовки. Джедай также встретил Джанго Фетта, который попытался сбежать на Джеонозис, но был выслежен Кеноби. Оби-Ван смог отправить сообщение Совету Джедаев, но сам попал в плен. Анакин, находящийся на Татуине, получил от Мейса Винду приказ оставаться на месте и охранять Падме. Но Падме решила лететь на Джеонозис спасать Оби-Вана. Скайуокера и Амидалу также захватили, а затем всех трех пленников приговорили к казни на арене.
Узнав об армии сепаратистов, Сенат, по предложению сенатора Джара-Джара Бинкса (которым манипулировал вице-канцлер Мас Амеда), наделил канцлера Палпатина чрезвычайными полномочиями. Канцлер узаконил создание армии клонов, которая стала основой Великой армии Республики.

Союзники Конфедерации

«В любой войне есть лидеры и есть командиры».
— Сан Хилл

Граф Дуку, не имевший, в соответствии с Правилом двух, возможности открыто взять себе ученика, тем не менее, нашел несколько чувствительных к силе существ, чтобы сделать их адептами темной стороны. Среди них были Асажж Вентресс, Сев'ранс Танн, Сора Балк, Тол Скорр, Кадриан Сей, Артел Дарк, Карок, Винок, Саато, Тренокс и некоторое время даже мастер-джедай Куинлан Вос. Все они, за исключением Вентресс и Воса, погибли во время войны.
Кроме группы темных джедаев к Дуку присоединились воин-чистори Сайдон Пракс и Охотник за головами Дурдж, принадлежавший к расе ген'дай. Дурдж с удовольствием помогал Конфедерации, по всей вероятности, из-за того, что респуликанская армия клонов появилась из ДНК мандалорца Джанго Фетта, а Дурдж ненавидел мандалорцев.
Наиболее важным и знаменитым союзником Конфедерации был калишский воин Кимаен джаи Шилал, чьё тело оказалось чудовищно изуродовано в катастрофе шаттла, подстроенной самим Дуку (но это оставалось тайной для Шилала). Его перевезли на Джеонозис, где председатель Межгалактического клана банкиров Сэн Хилл предложил Шилалу новую жизнь и помощь его народу. Всё, что калишец должен был сделать взамен — возглавить Армию Конфедерации и повести её против Республики, которая нечестно поступила с его народом.
Шилал воспользовался этим предложением, обрел новое кибернетическое тело и стал ужасным генералом Гривусом, Верховным главнокомандующим Армией дроидов. Его новое имя вскоре стало внушать страх и ужас по всей Республике.

Второй год (21–20 ДБЯ)

«Ммм… Темнее буря надвигающаяся становится. Боюсь, облако тёмное ситов всех нас накроет».
— Йода

Захват Брентаал IV

Когда Республика получила данные разведки, позднее не подтвердившиеся, что укрепления сепаратистов на Брентаал IV будут уязвимы в течение нескольких недель, мастер-джедай Пло Кун возглавил штурм планеты, имея в подчинении трех джедаев и мощную группировку солдат-клонов и вспомогательных машин. Мир был важен для контроля Перлемского торгового пути, и его захват стоил усилий. Джедаи быстро поняли свою ошибку: укрепления находились в полное боевой готовности, ими командовал местный диктатор Шогар Ток, чья персональная армия наемников стремилась подчинить планету Конфедерации.

Малые победы республики

Битва за Иктотч

Чуть позже Оби-Ван Кеноби и Энакин Скайуокер участвовали в уничтожении фабрики дроидов на Нивеке прежде чем освободить Терра Сул. В то же время республиканские войска, которыми командовали Мейс Винду и Сеси Тийн освободили Иктотч в Битве за Иктотч.
На Надиеме генерал Гривус попытался атаковать главный город планеты, но его силы вынуждены были отсупить, когда джедаи Луминара Ундули и Баррисс Оффи завели армию дроидов в каньон и взорвали заложенные заряды, уничтожив дроидов обвалившимися стенами.

Кризис на Харуун Кел

Кризис на Харуун-Келе начался, когда на планету прибыл старший член Совета джедаев Мейс Винду, после того, как голографическая запись, обнаруженная Республикой, показала вконец обезумевшую мастера Депу Биллабу, по заданию Совета тренировавшую корунов для борьбы против поддерживающих сепаратистов поселенцев расы балавай. Биллаба получила своё задание, поскольку, несмотря на стратегически важное расположение планеты, Республика пока была не готова к полномасштабному противостоянию в этом мире. Пережив покушение, организованное республиканским агентом-предателем, и преодолев джунгли, чтобы найти Биллабу, Мейс повел против балавайского ополчения силы корунов и прибывшее подкрепление клонов с транспорта «Халлек» под командованием CRC-09/571. Он подошел к городу Пелек Бау и использовал гениальную стратегию, заключавшуюся в незаметной переброске сил по водопаду, в результате чего балавайский полковник Лорз Гептун оказался захвачен врасплох. Несмотря на то, что в последнюю минуту несколько элитных солдат-корунов вместе с тёмным коруном Каром Вастором предали Винду, он заставил Гептуна сдать систему и выключить боевых дроидов. Победа далась дорогой ценой: в конце сражения Биллаба впала в кому, возможно, инициированную ею самой, выйти из которой не представлялось возможным.

Кампании середины года

Битва за Баламак

Когда сепаратисты начали блокаду Баламака, важного аграрного мира, генерал Оби-Ван Кеноби и Нанда-Ри Джану атаковали их во главе ударных сил звездных истребителей, а Энакин Скайуокер вступил в бой с кораблем контроля дроидов Торговой федерации, имевшим на борту устройство создания помех передатчикам ГолоНета, которое нарушало связь в секторе со времени прибытия флота. Помехоустановщик был уничтожен, и флот сепаратистов стал обречен.
На Девароне отряд джедаев, в который входили Кит Фисто, Эйла Секура, Тёмная женщина, Толм и нети Т'ра Саа, должен был пресечь контрабанду, организованную Оррой Синг и сенатором Вьен'сай'Маллоком. Синг была поймана и помещена в тюрьму на астероиде Уво IV, откуда впоследствии смогла сбежать.
На Антаре IV антарские сепаратисты, поддержанные графом Дуку, сбросили власть Антарских рейнджеров, защищавших закон на планете, а Куинлан Вос успешно внедрился в число темных джедаев Дуку.

Резня на Бассадро

В это время имела место череда событий, приведшая к значительным изменениям в политике военного времени, что привело к введению новых мер безопасности и усилению пропаганды у обеих сторон конфликта.
На Бассадро рыцарь-джедай Эмпатоджайос Бранд повел свои войска на пространства дремлющих вулканов, обеспечивших укрытие дроидам сепаратистов. Бранд приказал провести ракетную бомбардировку скальной породы, что вызвало уничтожение каменными обломками деревни горняков Агао-Нир, в которой находилось множество дроидов и несколько сотен мирных жителей. Это вызвало бурные протесты с обеих сторон: Конфедерация в ответ создала Гиперкоммуникационный картель, который должен был вести антиреспубликанскую пропаганду, а Республика сформировала фанатичные прочеловеческие организации: Комиссию по защите Республики (КОМПОЗР) и Республиканская бригада юных — и организовала депортацию «вражеских» рас с Корусанта.
Во время нападения на Корусант граф Дуку проник на центральную планету Республики с небольшим отрядом кортозиских боевых дроидов и попытался уничтожить Архив джедаев в Храме джедаев, но был изгнан Энакином Скайуокером. Это битва вместе с отключением энергии во время сражения на Сарапине отняла у многих жителей Корусанта ощущение безопасности, и в результате меры по её обеспечению были ещё более усилены. Значительные пространства города были превращены в военные зоны, и повсюду появились патрули солдат-клонов. Джедаи-генералы Этейн Тур-Мукан и Бардан Джусик, возглавив отряды «Омега» и «Дельта», а также подразделение ноль-клонов, провели зачистку города от террористов КНС, начиная с верхних и заканчивая самыми нижними уровнями.
Кампании конца года

Битва за Картао

Палпатин обнаружил на Картао цилиндры Спаарти, в результате произошло сражение с сепаратистами. Большинство установок для клонирования было уничтожено. Те, что уцелели, были тайно отправлены Палпатином на Вэйланд и Бисс.
Тем временем, джедаи нашли на Орд Цестусе новый тип чувствительных к Силе дроидов — JK-13. В результате на планету прибыли Кит Фисто и Оби-Ван Кеноби, чтобы обеспечить её хорошее отношение к Республике и не допустить продажу этих «убийц джедаев» КНС. Дипломатические усилия не принесли желаемого результата, но правящие Пять Семей были убиты во время бомбардировки, проведенной А-98.
После этого, во время миссии в скоплении Чайкин, отряд «Дельта» вызволил «Обвинитель», штурмовой корабль класса «Аккламатор», из рук трандошан, связанных с КНС.

Битва за Джабиим

Битва за Джабиим стала катастрофой для Республики несмотря на смерть лидера Конфедерации Альто Стратуса. Обстоятельства сложились для Республики неудачно: земля превратилась в месиво, а на воздушную поддержку солдаты-клоны не могли рассчитывать из-за электрических возмущений в атмосфере. Вместо этого основные надежды возлагались на наземный удар механизированных сил, в состав которых входили только что созданные тяжелые шагающие танки. Джабиимские сепаратисты всегда жили среди дождя и грязи, а потому были лучше подготовлены к сражению. На второй неделе противостояния они разгромили республиканскую опорную базу и перевезли захваченных лидеров: Оби-Вана Кеноби и Альфу-17 на Раттатак. Хотя Энакин Скайуокер собрал падаванов и провел контратаку, приведшую к гибели Стратуса, Республика, в конце концов, была вынуждена сдать планету Конфедерации.
Из-за усилившейся угрозы Корусанту перед началом битвы, был создан новый вид клонов, ставших известными как шок-клоны, которых вырастили непосредственно на Корусанте, а не на Камино. Они стали привычными на улицах столицы, где исполняли роль военной полиции. Кроме того, были созданы Комиссия военных советников и Командование обороной Родины.

Битва за Ааргонар

Вскоре после Битвы за Джабиим рыцари-джедаи А'Шарад Хетт, Бхат Джал и Энакин Скайуокер отправились на Ааргонар, чтобы разобраться с тамошними сепаратистами. Битва была страшной, поглибли Джал и многие солдаты-клоны. Ки-Ади-Мунди дал приказ отступать, а Балтар Суон занялся уничтожением лагеря республиканцев, чтобы припасы не попали в руки врагов. Тем временем, Энакин и Хетт, прятавшиеся в пещерах, нашли отключенную канонерку и использовали её, чтобы натравить гука-дракона на войска сепаратистов, обеспечив Республике время, необходимое для отступления. Затем джедаи вернулись на Новый Холстис.Планета осталась под контролем Конфедерации.
На Малом Парцеллусе сепаратисты разбили республиканскую оборону, но орбитальными бомбардировками подожгли местные растения, обладавшие высокой горючестью. Пожар распространился по большей части поверхности планеты, и от него пострадали наземные силы обеих сторон.

Погоня на Рифлоре

Тем временем, Асажж Вентресс с применением пыток допросила Оби-Вана Кеноби и ЭРК-клона Альфу-17, однако ничего не добилась. Тогда она заразила Кеноби мускульными червями, которые сделали его бессильным, а также использовала ситскую маску пыток, чтобы подавить проявления Силы. Но джедай преодолел испытания, и хотя на это потребовалось почти месяц, смог согнуть водопроводные трубы в своей камере и освободить себя, Альфу и других пленников. Они выдержали последнюю схватку с Вентресс и сбежали. Оби-Ван с помощью Силы сообщил Энакину Скайуокеру о своем спасении, которое достигло последнего, когда он сражался с пиратами в составе отряда Ки-Ади-Мунди. Между тем, Оби-Ван и Альфа добрались до Рифлора, где вступили в бой с преследовавшими их приспешниками Вентресс. Вскоре им на помощь пришли Ки-Ади-Мунди и Энакин.
После этого Энакин возглавил ударный отряд, который летел освобождать планету Вируджанси, и после успешного завершения операции получил от местных жителей прозвище «воин бесконечности». Однако Республика понесла потери, когда от нее отделилась Тогория.

Покорение Дуро

«Я всегда говорил, что Республике следует иметь мощную армию! Теперь мы видим, какой глупостью была идея превратить миротворцев в генералов!»
— Аск Аак

Вскоре для Республики настали чёрные дни, когда Гривус начал операцию «Копьё Дурге», в результате которой Конфедерация захватила Дуро. Менее чем за неделю военные корабли сепаратистов разбили оборонявшийся флот Республики и захватили один из орбитальных городов планеты. За этим последовала череда орбитальных бомбардировок и высадка огромной армии дроидов на покоренный Дуро. После битвы Сенатское бюро расследований попыталось выяснить причины неудачи. Гривус провел свои победоносные войска по всему Кореллианскому торговому пути, захватывая планету за планетой. Генерал-дроид превратился для Республики в символ страха. Через месяц в докладе агента Инглеменна Барезза было указано, что три звёздных разрушителя класса «Венатор», которые предназначались для защиты Дуро, были направлены в «свободный полет» Сенатским подкомитетом по обороне Кореллианского торгового пути.
Также было установлено, что на самом деле председатель комитета, родианский сенатор Онаконда Фарр перенаправил корабли к Исено, за что получил взятку в виде контрактов на восстановление Андо от исенского сенатора Ронета Курра. После появления доклада Курр и Фарр были отозваны из Сената. Спровоцированное общественное недовольство Сенатом и родианцами привело к тому, что Верховный канцлер получил полную власть для ведения войны и смог назначить людей руководить флотами у враждебных планет. Было начато полномасштабное расследование действий сенатского подкомитета, чтобы провести его реформирование или даже полностью распустить. Возможно, что эта политическая реформа стала одной из предпосылок к появлению Декрета об управлении секторами.

Битва за Фёрост

Древние верфи на Фёросте в Центре тысячелетиями отправляли корабли в открытый космос. В последние века Республики, верфи Фёроста приобрел Техносоюз. С развитием Войн клонов Фёрост оказался в блокаде, которой Флот Республики надеялся привести верфи в негодность. Но Республика не знала, что за два года, прошедших после Битвы на Джеонозисе осажденные инженеры Техносоюза разрабатывали крейсер класса «Булварк» — тысячеметровый военный звездолёт, обладавший мощным вооружением и броней, позволявшей давить легкие корабли противника. Под командованием суллустанца Дуа Нинго Флот «Булварков» прорвался через блокаду Фёроста и начал терроризировать Республиканские миры в секторе Зеро.
В качестве ответа на флот «Булварков» Республика создала звёздный разрушитель класса «Виктори I». Результат сотрудничество между Проектом «Виктор» и «Куат Драйв Ярдс» корабли класса «Виктори» вошли в состав Флота «Виктори» и, разделившись на две тактические группы, поступили под командование капитана Терринальда Скрида и Жана Додонны. Они столкнулись с Флотом «Булварков» у Икстлара, Алсакана и Басилиска. В Битве у Анаксеса Нинго погиб, а его флот был уничтожен. Скрид и Додонна вернулись на Корусант героями Республики.

Завершающие кампании (19 ДБЯ)

«Лабиринтом зла война эта стала».
— Йода

Охота за Дартом Сидиусом

К этому моменту войны для джедаев стало важно найти лорда ситов, предположительно контролировавшего Галактический Сенат, и определение личности сита стало их основной задачей. Это было сделано в надежде убедить канцлера Палпатина отказаться от чрезвычайных полномочий, полученных им в начале войны.
Энакин Скайуокер, ставший этаким «мальчиком с плаката» войны (по крайней мере, в глазах общественности), получил ранг рыцаря-джедая за действия во время Преситлинского конфликта. Он был среди джедаев, участвовавших в Осаде Внешнего Кольца, что включало нападение на крупные укрепления сепаратистов на Салукемае, Фелусии, Мигито, Неймойдии, Като Неймойдии, Деку Неймойдии и Кору Неймойдии. Во время штурма Неймойдии на силы Конфедерации обрушились республиканские вездеходы и джаггернауты. Неймойдия была разорена, а разрушение множества неймойдианских гнезд личинок оказало пагубное влияние на всю расу неймойдианцев. Энакин стал республиканским ответом на генерала Гривуса, но джедай становился всё разочарованней, видя, что Конфедерация продолжает борьбу. У него зародилось сомнение, как Республика может сохранять власть даже при нападениях Армии дроидов.
Впервые свидетельство существования Дарта Сидиуса появилось во время Первой битвы за Като Неймойдию. Республика начала сражение, пытаясь захватить Нуте Ганрея, вице-короля Торговой федерации и важного члена Совета сепаратистов. Хотя Республика под ударами Конфедерации отступила из Центральных Миров и Колоний, Нуте Ганрей улетел на Като Неймойдию, желая забрать с собой как можно больше богатств. Республиканская разведка получила информацию о его местонахождении, и армия под командованием Оби-Вана Кеноби, только что ставшего рыцарем-джедаем Энакина и Жана Додонны выдвинулась к планете для организации засады.
Однако Нуте Ганрею удалось сбежать. Като Неймойдия была захвачена вместе с механо-креслом Ганрея. Эта построенная по специальному заказу мебель содержала проектор голограмм с подключенным защищенным каналом связи, что позволяло вице-королю общаться напрямую с Дартом Сидиусом. Совет джедаев дал задание Оби-Вану Кеноби и Энакину Скайуокеру отследить происхождение этого свидетельства и раз и навсегда установить личность Дарта Сидиуса. Поиски повели их через всю галактику, всё увеличивая пространство поиска лорда ситов.
Между тем, Президент Коммерческой гильдии Шу Май вернулась в свой штаб на Фелусии, чтобы произвести ликвидацию своей собственности. Но только что ставшая рыцарем-джедаем Баррисс Оффи и падаван-селониец Зондер прибыли на Фелусию и попытались действовать против Май, однако были схвачены. Позднее Эйла Секура и коммандер Блай пришли им на помощь. К несчастью, Шу Май перед побегом с Фелуции выпустила отравила воды планеты смертельным биологическим оружием.
Позднее Гривус собрал Совет сепаратистов и попытался найти для него убежище. Первым выбором стал Белдерон, но с планеты пришлось уйти, когда о её предназначении стало известно Республике, перехватившей передачу с помощью механо-кресла Нуте Ганрея. Оперативные силы Кеноби и Скайуокера замерли в ожидании. Во время битвы Скайуокер пробился через огонь турболазеров и выстрелил по мостику «Невидимой руки», флагмана Гривуса.
Однако «Невидимой руке» удалось уйти, открыв огонь по конвою беженцев. Но устроив засаду у Белдерона, Республике удалось понять, как расшифровывать код. С помощью специального устройства Республиканская разведка определила источник сигнала и вскоре выяснила, что Дарт Сидиус работает в брошенном здании посреди промышленного района галактической столицы — Корусанта. Когда эта загадка была разгадана, Дарт Сидиус разыграл последнюю карту: Битву за Корусант. Как Верховный канцлер Палпатин, он объявил Мигито, Фелусию и Салукемай «Триадой зла», отправив половину оборонительного флота Корусанта усмирить эти планеты. Одновременно он приказал графу Дуку и генералу Гривусу атаковать ослабленную столицу Галактики, использовав секретный гиперпространственный маршрут через Центр.

Генерал Гривус на Корусанте

Тем временем, Оби-Ван Кеноби и Энакин отправились на удаленную планету Нелваан, считая, что на ней прячется Гривус. Здесь Энакин убил огромное чудовище и заработал восхищение местных жителей — нелваанцев, при этом прервав юношеский ритуал посвящения. Его прибытие было расценено как исполнение пророчества о «Холте Кезеде» («Рука призрака» на нелваанском, под чем подразумевалась механическая рука Энакина), который освободит землю от неизвестного зла. Выдержав болезненную церемонию, Энакин выступил против зла. Он вошел в пещеру, где ему было видение, что он станет Дартом Вейдером. Затем он обнаружил фабрику Техносоюза, на которой проводились эксперименты над захваченными аборигенами. Их превращали в жутких мутантов. Энакин уничтожил фабрику, а также достучался до разума плененных и вернул их семьям. В деревне нелваанцев устроили празднество.
Затем Оби-Ван и Энакин с красной эскадрильей были направлены на Тите, где предположительно скрывался граф Дуку. Эскадрилью выкосила орбитальная оборона, вынудив Кеноби и Скайуокера в одиночестве идти в завод «ЛиМердж Пауэр». Здесь Дуку бросил против них боевых дроидов, но Энакин продемонстрировал владение Силой и обрушил потолок на Дуку и дроидов. Лорд ситов смог выкарабкаться из под обломков и на своем солнечном паруснике улетел с планеты на встречу с Гривусом возле Корусанта. Джедаи также выбрались из руин комнаты и вернулись на свой флагман, где узнали, что Корусант атакован силами сепаратистов. Они немедленно вернулись в Центр на своих перехватчиках.

Битва за Корусант

Тем временем у Корусанта флот сепаратистов под командованием Дуку и Гривуса начал недельную осаду галактической столицы. В городе приземлились десантные корабли, а на орбите хозяйничали стаи дроидов-истребителей класса «Валчур» и три-дроидов. Сотни миллионов боевых дроидов и дроидов-танков разоряли улицы Галактик-Сити, нанося огромный урон жителям и их собственности. В ответ Республика выставила против дроидов своих клонов. Джедаи храбро сражались вместе с клонами, стремясь остановить вторжение КНС, и огромное число механических врагов пали в битве, в которую были вовлечены столь значительные силы джедаев и солдат-клонов.
Битва кипела в космосе, в небе планеты и на её поверхности. Гривус вломился в небоскреб Республика-500 и похитил Палпатина, зарубив походу нескольких солдат-клонов и джедаев.
Поняв, что их выманили с Корусанта, Энакин и Оби-Ван вернулись в столицу, чтобы участвовать в спасении Палпатина. Проникнув на флагман сепаратистов, «Невидимую руку», они вновь столкнулись с графом Дуку. Схватка была жестокой, но Энакин одержал верх, разоружил противника и, понуждаемый Палпатином, обезглавил графа, нанеся серьезный удар Конфедерации.

Битва на Утапау

«Я буду их отвлекать до вашего прибытия. Только не задерживайтесь."
"Эй, я когда-нибудь Вас подводил?»
— Оби-Ван Кеноби и маршал-коммандер Коди

Когда сепаратисты были отброшены от Корусанта, Палпатин принялся настаивать, что угроза с их стороны не прекратится, пока не будет уничтожен генерал Гривус. Разведка клонов обнаружила оплот сепаратистов на Утапау, и Совет джедаев поручил Оби-Вану Кеноби свершить правосудие над генералом.
По прибытии на Утапау Кеноби встретил Тиона Медона, который указал местонахождение Гривуса. Взяв в помощь варактила по имени Бога, Кеноби забрался на 10 уровень Пау-Сити, где вступил в короткий поединок с генералом. Спустя короткое время прибыл 212-й ударный батальон под командованием коммандера Коди, завязавший перестрелку с сепаратистской армией дроидов.
Воспользовавшись моментом, Гривус вскочил в свой личный колесоцикл «Цмой-6» и попытался сбежать с поля боя. Оби-Ван бросился в погоню за генералом сквозь выстрелы и взрывы сражения и нагнал его возле звёздного истребителя «Белбуллаб-22», где снова произошла стычка. Казалось, Гривус одолел Оби-Вана, но джедай воспользовался бластером Гривуса, чтобы выжечь его внутренние органы и привести генерала к бесславной и некрасивой смерти. Затем клоны уничтожили противовоздушные туррели, и канонерки СНДК смогли доставить подкрепление. Республиканские войска продолжали успешное наступление на дроидов, пока не был введен в действие Приказ 66, после которого они обстреляли Оби-Вана и Богу. Считая, что Кеноби погиб, дальше клоны уничтожали боевых дроидов, пока последние не были отключены.

[b]Битва за Кашиик[/b]

«Дроиды запустили главные генераторы."
"Значит, пришло время теперь, коммандер».
— маршал-коммандер Гри — Йоде

Между тем на Кашиике объединенные силы Республик и вуки отражали второе вторжение сепаратистов. Кашиик являлся крупным навигационным центром юго-восточного квадранта Галактики, что делало его стратегически важной системой, давно ставшей целью для армии сепаратистов. Лидеры Конфедерации выдвинули вуки требование: присоединиться к их восстанию, но королевские семьи Кашиика колебались. Генерал Гривус, потерявший терпение от такой неуверенности поддержать Конфедерацию, решил послать боевых дроидов, чтобы «убедить» вуки. Дроиды, не имея определенного умысла, убили принца Рикумми, и король Гракчауваа обратился против сепаратистов.
После нескольких пробных атак, сепаратисты, наконец, решились на полномасштабное вторжение в город Качиро на архипелаге Уауаатт. Он должен был стать плацдармом для дальнейшего продвижения вглубь лесистой планеты. Для подготовки нападения сепаратисты прибегли к помощи многовековых врагов вуки — трандошан, их соседей по системе. Трандошане организовали несколько вылазок в Качиро и похитили командующего его обороной, генерала Тарффула, прикрывая свои истинные намерения привычной работорговлей. Сепаратисты скрытно высадили крупные силы дроидов и подготовили их к наступлению. Но хотя система имела большое стратегическое значение и обе стороны считали битву неизбежной, на самом деле всё это являлось не более чем отвлекающим маневром Дарта Сидиуса.
Чуть позже, клоны-коммандо отряда «Дельта» были отправлены на поиски Тарффула, чтобы затем объединить вуки против сепаратистов. Освободив вождя вуки Тарффула от трандошан и генерала Гривуса, командовавшего первой стадией операции, клоны-коммандо отряда «Дельта» помогли вуки в обороне Качиро от сил сепаратистов, уничтожив на орбите дестроер Коммерческой гильдии. В сражении погиб Сев, и отряд «Дельта» отступили на канонерке, когда сепаратисты начали контратаку. Впоследствии выяснилось, что коммандо были передовой группой республиканского вторжения.
Кашиик считался слишком важным, чтобы отдавать его сепаратистам, поэтому на планету направили солдат-клонов из 41-го элитного корпуса, усиленного бойцами 501-го легиона, которым приказали помочь вуки справиться с сепаратистской армией дроидов.
Йода сохранял хорошие отношения с вуки, и это сделало его командующим войсками Республики, направленными в систему. Управлять объединенными силами ему помогали генерал Тарффул и Чубакка, командиры местных вуковской сил обороны. Также на планете находились мастера-джедаи Луминара Ундули и Куинлан Вос (переброшенные с Боз Пити).
Сепаратисты уже начали блокаду Кашиика, когда прибыли Йода и подчиненные ему войска. Однако флот генерала Йоды смог прорвать блокау и высадиться на планете. Битва в космосе продолжилась, отрезая дроидов, уже находящихся на земле, от поддержки остального флота КНС. Дроиды обустроили командные пункты и начали наступление.
На переднем крае летающие катамараны вуки действовали совместно с джаггернаутами, УВ-П и ШВ-Р и другой ударной техникой. Им противостояли громадные силы сепаратистов: дроиды-танки, дроиды-пауки и ТРП-дроиды.
Несмотря на беспрецедентные усилия объединенных сил вуки и Республики, Качиро вскоре оказался близок к сдаче сепаратистам. Две вещи помогли вуки спастись: внезапное отключение дроидов и вступление в силу Приказа 66. К сожалению, эти события принесли жителям лесного мира ещё большие неприятности.
Мастер Йода почувствовал смертельное возмущение в Силе, когда по всей Галактике начал исполняться Приказ 66. Клон-коммандер CC-1004, известный как Гри, получил сообщение по закрытому каналу связи, предназначенному только для командного состава. Изображдение Верховного канцлера Палпатина приказало ему выполнить заданный приказ и убить мастера-джедая генерала Йоду.
Когда клоны приготовились казнить Йоду, джедай выхватил свой световой меч и одним широким движением обезглавил своих возможных убийц. Затем Йода направился в джунгли вместе с воинами-вуки Тарффулом и Чубаккой.
А битва между Республикой и войсками сепаратистов тем временем завершилась: вуки стаскивали в кучи уничтоженных дроидов, а солдаты-клоны проверяли оружие и снаряжение, готовясь к захвату Кашиика. Мастер-джедай Луминара Улунди разговаривала с восемью солдатами-клонами, стоявшими вокруг неё, когда пришел Приказ 66. Мастер-джедай Куинлан Вос находился наверху джаггернаута; главное орудие ближайшего танка уничтожило его боевую машину, но джедай выжил.
Когда республиканские войска, пришедшие на планету, чтобы защитить её от агрессии, сами стали агрессорами, хладнокровно расправившись со своими командирами, Битва за Кашиик завершилась. Силы Республики вскоре ушли из системы, позволив вуки разбирать груды искореженной военной техники, которые война оставила по всей планете.

Искушение Энакина Скайуокера

«Но... гибель графа Дуку?"
"Его смерть была необходимой жертвой. Скоро у меня будет новый ученик, гораздо сильне… и намного моложе».
— Генерал Гривус и Дарт Сидиус

«Джедаи используют свои способности во имя добра."
"Добро и зло — понятия относительные, Энакин».
— Энакин Скайуокер и Палпатин

Во время Войны клонов Палпатин стал для Энакина Скайуокера вместо отца. Юный джедай чувствовал поддержку, обсуждая с канцлером события, которые скрывал даже от Оби-Вана и Падме. Палпатин использовал в свою пользу растущее недоверие Энакина Совету джедаев, играя на беспокойстве джедая и обещая гораздо больше, чем мог бы предложить Совет. Он также открыл Энакину свою тайную сущность, Дарта Сидиуса, зная, что тот поспешит сообщить об этом Совету.
Энакин действительно сообщил об этом открытии Мейсу Винду, который направился в офис канцлера вместе с джедаями Китом Фисто, Сеси Тиином и Агеном Коларом, намереваясь положить конец правлению канцлера. Но через мгновение только Винду оставался в живых, способный противостоять могучему лорду ситов. Энакин, вопреки приказу Винду, появился в офисе канцлера и стал свидетелем того, как мастер-джедай обезоружил Палпатина и зажал в угол. Воспользовавшись этой ситуацией, Палпатин успешно переманил Энакина на свою сторону. Когда Винду собирался нанести решающий удар, Энакин отсек его руку со световым мечом, позволив Палпатину выбросить Винду из окна с помощью молнии. Совершив такое предательство в отношении друзей-джедаев, Энакин знал, что выбора у него мало. Поклявшись в верности Палпатину, он стал ситом и получил имя Дарта Вейдера. Его первым заданием стало при поддержке 501-го легиона уничтожить всех джедаев в Храме джедаев. После этого Палпатин направил его на Мустафар, чтобы расправиться с Советом сепаратистов.
Началось Великое истребление джедаев.

Конец Войн клонов

«Ситхи снова будут править Галактикой! И будет мир».
— Палпатин

Пока Вейдер убивал джедаев в Храме, Палпатин отправил сообщение клонам-командирам, находящимся в разных местах Галактики, с требованием исполнить Приказ 66. Получив это сообщение, солдаты-клоны немедленно атаковали командовавших ими джедаев.
Среди джедаев, погибших во время этого нападения, были такие известные мастера, как Эйла Секура, Луминара Ундули, Ки-Ади-Мунди, Пло Кун, Стасс Аллие и Цин Драллиг, а также падаваны Бене, Вие Малро и Зетт Джукасса. Среди джедаев, переживших Приказ 66, оказались Оби-Ван Кеноби, Йода, Шаак Ти, А'Шарад Хетт, Джейсел, К'Крук, Кенто Марек, Цуй Чой, Толм, Рам Кота, Шаддай Поткин, Тра Саа, Марис Бруд, Роан Шрайн, Эчуу-Шен-Джон, Каздан Паратус, Куинлан Вос и многие другие.
После задания по очистке Храма джедаев, Вейдер на легком перехватчике Эта-2 типа «Актис» (в компании Р2-Д2) полетел на Мустафар. Совет сепаратистов, получивший информацию о его скором появлении, считал, что Вейдер направлен для их защиты. Вместо этого, он изуверски зарубил каждого из них, не испытывая сожалений. Под ударами светового меча погибли Нуте Ганрей и Руне Хаако с их помощником Руте Ганнеем, Сэн Хилл, Уот Тамбор, Поггль Меньший, Шу Май с её помощницей Кат Миин, Пассел Ардженте с его помощницей Денарией Ки и По Нудо с его помощником. Нуте Ганрей погиб последним; он умолял о пощаде, но Вейдер сразил его смертельным ударом.
Затем Палпатин приказал Вейдеру послать сигнал на отключение дроидов, который, по иронии судьбы, был разработан джеонозийцем Гизором Деллсо, чтобы предотвратить использование Армии дроидов против Конфедерации. Гизор Деллсо некоторое время находился на Мустафаре, но избежал гибели от руки Вейдера.